Johannes Korndörfer studierte bis 2006 in Dresden Komposition bei Prof. Jörg Herchet, Musiktheorie bei Prof. Dr. Clemens Kühn und Prof. John Leigh sowie Klavier bei Frau Prof. Christine Haupt. Ein ergänzendes Musikwissenschaftsstudium schloss sich an.
Er ist angestellt an der Hochschule für Musik Dresden; dort und am angeschlossenen Landesgymnasium unterrichtet er seit 2006 und seit 2011 an der Berliner Universität der Künste Musiktheorie, Gehörbildung und Analyse. Er hatte weitere Lehraufträge an der TU Dresden und an der hmt Rostock inne. Außerdem leitet er in der Komponistenklasse Dresden Kinder und Jugendliche beim Komponieren an.
Johannes Korndörfer war Mitentwickler des multimedialen Gehörbildungsprogramms Orlando, das unter der Leitung von Prof. John Leigh am Zentrum für Musiktheorie der Dresdner Musikhochschule erstellt wurde.