Stephanie Hauptfleisch studierte zunächst Philosophie und Musikwissenschaft an der TU Dresden und der Alma Mater Rudolphina in Wien. Dem Magisterabschluss schloss sich die laufende Promotion an. Weiterhin studierte sie an der Dresdner Musikhochschule im Hauptfach Gesang bei Angela Liebold-Zabel und Prof. Christiane Junghanns. Wertvolle Anregungen während des Studiums erhielt sie durch die Zusammenarbeit mit Ludger Rémy. Sie besuchte die Oratorienklasse bei Britta Schwarz sowie die Liedklasse bei KS Prof. Olaf Bär. Sie wirkte in mehreren Inszenierungen des Bautzner Theaters mit (u.a. als 3. Knabe in Mozarts Zauberflöte) und sang die Partie des Dardano in Händels Amadigi im Kleinen Haus Dresden (Leitung Prof. Hans-Christoph Rademann; Regie Axel Köhler). Meisterkurse führten sie zu Prof. Charlotte Lehmann, Margreet Honig und Simone Nold.

Stephanie Hauptleisch tritt regelmäßig in Liederabenden und als Konzertsolistin (so unter Jörg Bräunig, Matthias Grünert, Ekkehard Klemm, Judith Kubitz, Hans-Christoph Rademann uvm.) auf, wobei ihr künstlerischer Schwerpunkt im Konzert- und Oratorienbereich liegt. Konzertreisen führten die Sängerin in die Schweiz, nach Frankreich, Spanien, Tschechien und nach Israel.
Stephanie Hauptfleisch ist Mitglied des Dresdner Kammerchores e.V. und ständiger Gast des Berliner Rundfunkchores.

Des Weiteren ist sie Gründungsmitglied des Dresdner Musikvereins e.V.. Im Rahmen der Vereinsarbeit  initiierte sie die Konzertreihe „Musik in der Heinrich-Schütz-Residenz“ und leitete das Dresdner Singen.
Sie ist zudem gefragte Stimmbildnerin bei Chören. So arbeitete sie zusammen mit dem Bergsteigerchor Kurt Schlosser, der Singakademie Chemnitz und mehrfach mit der Chorakademie im Rahmen des Lausitzer Musiksommers u.v.m.

Stephanie Hauptfleisch hat einen Lehrauftrag für Gesang an der Musikhochschule Carl Maria von Weber Dresden und der Kreismusikschule Bautzen.
Als Autorin schreibt sie neben weiteren Artikeln regelmäßig für das Semper!-Magazin und für das Festival Sandstein und Musik. Ihr Buch Sängerkastraten am Dresdner Hof erschien 2017 im Donatus-Verlag.