Sebastian Knebel absolvierte zunächst eine Lehre als Orgelbauer. Nach Studien der Kirchenmusik in Dresden setzte er seine Ausbildung an der Hochschule für Musik „Franz Liszt“ in Weimar und an der Folkwang-Hochschule in Essen fort. 

Eine umfangreiche solistische Tätigkeit machten Sebastian Knebel als Cembalist, Organist und Hammerflügelspieler bekannt. Konzertreisen führen ihn regelmäßig ins europäische Ausland, in die USA und nach Mexiko. Sebastian Knebel ist Organist und Cembalist  des Collegium Marianum Prag, der Cappella Sagittariana Dresden und des Telemannischen Collegium Michaelstein. 

Sebastian Knebel arbeitet in den letzten Jahren zunehmend auch als musikalischer Leiter, so bei Projekten des Vokalensembles labia vocalia, des Telemannischen Collegium Michaelstein und der Cappella Sagittariana Dresden.

In der Saison 2007/8 war Sebastian Knebel für ein Jahr als Gastorganist an der Christ the King Lutheran Church in Houston, Texas, und bei der Houston Bach Society tätig. 

Neben seiner aktiven künstlerischen Tätigkeit war er viele Jahre Teil des Präsidiums der "Gottfried-Silbermann-Gesellschaft" Freiberg und wirkte als einer der künstlerischen Leiter des renommierten mexikanischen Barockfestivals Festival de Musica Barocca de San Miguel Allende, dessen Festspielorchester er auch leitete. Im Verein "Dresdner Hofmusik" setzt er sich für die Etablierung der teilrekonstruierten Dresdner Schloßkapelle als Konzertort ein.